Йохан Себастиан Бах е най-малкото дете в семейството на музиканта Йохан Амброзиус Бах и Мария Елизабета Лемерхирт, осмо по реда на раждане, но шестото, което успяло да порасне[3], тъй като 3 от децата им умират малки. Баща му е изпълнител на цигулка и клавесин, както и органист в църквата Св. Георги в Айзенах. Родът на Бах става известен с музикалните си таланти още през първата половина на 17 век.[4][5] За родоначалник на рода се счита хлебарят Файт Бах, който живее в Тюрингия. Много от дедите на Йохан Себастиан са професионални музиканти.[6] През този период Църквата, местните власти и аристокрацията поддържат музикантите, особено в Тюрингия и Саксония. Бащата на Бах живее и работи отначало в Ерфурт, а по-късно в Айзенах, като придворен и градски музикант.[7] По това време в града живеят около 6000 жители. Работата на Йохан Амброзиус включва организирането на светски концерти и изпълняването на църковна музика.[7]
Личният печат-монограм на Бах.
Когато през 1694 г. Йохан Себастиан навършва 9 години, умира майка му, а осем месеца по-късно — баща му, който малко преди това се жени отново. По-големият брат, Йохан Кристоф, който работи като органист в съседния град Ордруф, взима момчето при себе си. Йохан Себастиан постъпва в гимназия, а брат му го обучава да свири на орган и клавир. Йохан Себастиан обича много музиката и не пропуска възможност да свири или да изучава нови произведения. Известен е следният разказ, илюстриращ страстта на Бах към музиката: Йохан Кристоф пази в шкафа си тетрадка с ноти на известни по това време композитори, като Фробергер, Керл, Пахелбел, но въпреки молбите на Йохан Себастиан, той не му дава да я разгледа. Младият Бах успява веднъж да извади от заключения шкаф тетрадката и в продължение на половин година на лунна светлина преписвал нотите. Когато работата е приключена, по-големият брат намира копието и го отнема.[8][9]
Докато учи в Ордруф под ръководството на брат си, Бах се запознава с творчеството на съвременните му южнонемски композитори — Йохан Пахелбел, Фробергер и други.[9] Вероятно се запознава също и с трудовете на композиторите от Северна Германия и Франция.
На 15-годишна възраст, поради хубавия си сопранов глас, Бах се премества в Люнебург, където в периода 1700—1703 г. учи в певческата школа „Св. Михаил“. Задържат го и след като загубва гласа си, тъй като могат да го използват и като цигулар. През този период той получава възможността да се запознае с творбите на много големи майстори на епохата, поради богатата музикална библиотека там. По това време той посещава Хамбург — най-големия град в Германия, както и Целе (където на особена почит е френската музика) и Любек, където има възможност да се запознае с творчеството на тогавашни знаменити музиканти. В Любек Бах слуша произведения на прочутият композитор Йохан Райнкен, а вероятно разглежда и операта.[10] По това време Бах пише и първите си произведения за орган и клавир. Освен хоровото пеене а капела, Бах вероятно се обучава да свири на тримануален орган, клавесин цигулка и виола. Тук получава и първите си знания по богословие, латински, история, география и физика, а вероятно започва да изучава и френски и италиански език. В школата Бах има възможност да общува със синовете на известни северно немски аристократи и известни органисти, сред които Георг Бьом в Люнебург[11] и Йохан Райнкен и Николаус Брунс в Хамбург. През този период Бах разширява познанията си за съвременните композитори, сред които знаменитият и като органист Дитрих Букстехуде, когото той много уважава.
